El manejo integrado de las enfermedades tiene una serie de componentes básicos para alcanzar el éxito en la reducción del impacto de las mismas. Uno de estos componentes es determinar quién es el agente causal de la problemática que se presenta en campo. A diferencia de un problema entomológico o de malezas, en el que se visualiza fácilmente a la plaga o peste, en el caso de las enfermedades, los patógenos no son conspicuos a excepción de aquellos que producen signos (estructura del patógeno que es visualizada a simple vista, como ejemplo, se puede mencionar al basidiocarpo, moho, mildiú, etc.).

Por ello, las características de los síntomas que se observan en las plantas enfermas brindan indicios de los posibles agentes causales. De ahí la importancia en aprender a caracterizar los síntomas, y también diferenciar entre aquellos que son ocasionados por factores abióticos de los bióticos.

Una forma de clasificación simple de los síntomas es aquella que establece 2 tipos: síntoma primario y síntoma secundario. El primero representa al ocasionado directamente por el patógeno, es decir, es aquel producido por la acción directa de enzimas, toxinas o algún otro metabolito o acción ejercida por el patógeno. El síntoma secundario es ocasionado por el efecto de la alteración fisiológica que se está produciendo en la parte de la planta afectada por el síntoma primario. Un buen ejemplo que ilustra esto es la acción por Phytophthora spp; este patógeno ocasiona pudriciones de raíces o de cuello de la planta; es a ese nivel en el que las zoosporas se enquistan, e inician la infección, lo cual consiste en la liberación de enzimas que degradarán los tejidos vegetales. Al ser afectada la raíz, su actividad fisiológica será afectada, al no haber absorción de agua, pronto se manifestarán deficiencias hídricas en la parte aérea, por lo que el síntoma secundario será el de epinastia de las hojas y posteriormente,
el declinamiento de la parte aérea. Por lo tanto, el síntoma primario será la pudrición radicular y el síntoma secundario, el declinamiento de la parte aérea.

Es muy importante establecer esta diferencia, pues si se analiza en el laboratorio de diagnóstico fitopatológico una muestra solo de la parte aérea (síntoma de declinamiento), es probable que se aíslen microorganismos que no son los agentes causales de la problemática. Por ende, se recomienda analizar la integridad de la planta, a fin de hacer una buena disección y determinar la muestra que deberá ser analizada.

Adicionalmente, las muestras deben llegar en condiciones óptimas; pues si hay tejido necrosado, la acción de microorganismos secundarios puede interferir el proceso de aislamiento y dar falsos aislamientos. Posteriormente, las metodologías de laboratorio tienen igual importancia para alcanzar el éxito del diagnóstico.

Una vez determinado cuál es el agente causal, se puede diseñar la estrategia de manejo de la enfermedad; la cual se diseña en función a cada agroecosistema y sistema de producción del cultivo. Toda práctica de control que se recomiende va dirigida a reducir el inóculo primario o inóculo secundario o ambas.